● 摘要
动物线粒体基因组由于其结构简单、进化速率快、母系遗传和发生重组率低等特点，己被广泛用于群体遗传学、系统发育重组、比较和进化基因组学以及基因组水平分子进化等领域的研究。
本研究利用Sub-PCR技术，测定了太白虎凤蝶 Luehdorfia taibai，Chou，1994、断纹波水螟Paracymoriza distinctalis，(Leech，1889) 和长臂彩丛螟Lista haraldusalis，(Walker，1859) 的线粒体基因组序列，利用相关软件进行了组装拼接、注释和分析。联合已公开的部分鳞翅目线粒体基因组，基于线粒体基因组2个rRNA基因和 13 个蛋白质编码基因全序列数据，分别采用最大简约法 (maximum parsimony, MP)、最大似然法 (maximum-likelihood, ML) 和贝叶斯推论法 (bayesian inference, BI) 构建了 6种鳞翅目物种的系统发生树。主要结论如下：
1. 本研究所测定的3种鳞翅目昆虫线粒体基因组全长分别为：太白虎凤蝶15553 bp，断纹波水螟15355 bp，长臂彩丛螟15213 bp。线粒体基因组都由37个基因 (13个蛋白质编码基因，22个tRNA 基因和2 个rRNA 基因) 和1个A＋T富集区构成。
2. 太白虎凤蝶、断纹波水螟和长臂彩丛螟线粒体基因组的碱基组成具有明显的AT偏向性，它们的A+T含量 (J链) 分别为：太白虎凤蝶81.47%，断纹波水螟82.14%，长臂彩丛螟81.51%。
3. 本研究中COI基因除长臂彩丛螟以特殊的四联体TTAG作为起始密码子外，太白虎凤蝶和断纹波水螟的COI基因都以CGA作为起始密码子，而其它的蛋白质编码基因均以典型的ATN作为起始信号。断纹波水螟的COII基因与长臂彩丛螟的COII和ND6基因均以不完全的终止密码子T作为终止信号，其它蛋白质编码基因的终止密码子为TAA或TAG。
4. 线粒体基因组的22个tRNA基因，除了太白虎凤蝶和断纹波水螟的tRNASer (AGN) 基因外，其余均可折叠成典型的三叶草型二级结构， tRNA二级结构均存在一定数目的碱基错配现象。太白虎凤蝶线粒体基因组在191-259 bp的位置还存在1个额外的tRNALeu，功能未知。
5. 本研究3种昆虫的A＋T富集区长度分别为太白虎凤蝶939 bp，断纹波水螟344 bp，长臂彩丛螟310 bp。A＋T含量分别为94.56%、95.06%和96.13%。A＋T富集区内部有一些典型的结构，其中包括类似微卫星的重复序列 (AT)n和(ATT)n，以及 poly-A 和poly-T 结构等。
6. 系统发育关系结果显示，(夜蛾总科 + (尺蛾总科+蚕蛾总科)) 聚为姊妹群；梳翅弄蝶作为弄蝶总科唯一的数据集代表，在进化关系上显示与凤蝶总科有更近的亲缘关系；天蚕蛾科和天蛾科聚为一个与其它科昆虫平行的单系支。