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题目:三角涡虫β微管蛋白和Rab蛋白Rab蛋白cDNA文库的克隆及生物信息学分析

关键词:三角涡虫,cDNA文库,β-微管蛋白,Rab蛋白

  摘要


三角涡虫(Dujesia japonica)是扁形动物门涡虫纲动物,因具有形态学的可塑性及独特的再生能力成为再生生物学、神经生物学和发育生物学研究的模式动物。近年来,涡虫研究进入基因组学和功能基因组学领域,这些研究有助于从基因组水平上揭示后生动物进化、发育和再生的共同机制。??????
本论文应用Clontech公司CreatorTM SMARTTM cDNA Library Construction Kit,构建了涡虫cDNA文库,挑选文库的部分克隆进行测序及序列拼接,获得编码β-微管蛋白和Rab蛋白的全长cDNA序列。??
β-微管蛋白(β-TUBLIN)是构成微管主要成分的一类高度保守的蛋白,参与微管组装及细胞形态发生、生长和分裂等过程。涡虫β微管蛋白cDNA全长1539 bp,编码444个氨基酸,蛋白质分子量为49672.8,pI为4.82,属亲水性,主要定位于细胞质中,有24个磷酸化位点。结构上含有GTP 核苷酸结合位点(GGGTGSG)、N端的转录后调控信号序列(MREI)及β微管蛋白两个保守区域:分别位于氨基酸99-106位(NNWAKGHY)和405-424 位(RKAFLHWYTGEGMDEMEFTE),Clustul序列比对表明,涡虫β-微管蛋白与其他8种扁形虫β微管蛋白(日本血吸虫、曼氏裂体吸虫、肝片吸虫、华枝睾吸虫、埃及血吸虫、丝盘虫、细粒棘球绦虫、粒棘球绦虫)相似性为92﹪~96﹪,由此可见微管蛋白是生物进化过程中一类高度保守的基因。该氨基酸序列在不同物种间有较高的相似性,说明其进化的高度保守性。
Rab蛋白是小G蛋白家族成员最多的亚家族,分子量在20~30 KD之间,主要功能表现在物质的跨膜转运和分泌方面。涡虫Rab蛋白cDNA全长2141 bp,编码206个氨基酸,蛋白质分子量为23089.3,pI为6.59,属亲水性,主要定位于细胞质中,在氨基酸20、21位之间有信号肽剪切位点。有8个磷酸化位点。含有小G蛋白家族五个保守的鸟苷酸结合区域。涡虫Rab蛋白与其他五种近缘物种的Rab蛋白的相似率为65﹪~75﹪。